Wir hatten die Tage das Problem, dass eine InnoDB auf myisam zurückgefallen ist. Für uns aus unklaren Gründen.
Ein plausibler Grund könnte jedoch sein, wenn in der my.conf für InnoDB Performancewerte (innodb_log_file_size) geändert werden – die zugehörige innoDB-Datei nicht gelöscht wird im Anschluss. Wenn sich die Größen ändern, muss die Datei gelöscht werden, damit Mysql die Gelegenheit hat, die Datei neu mit passender Größe anzulegen.